Functional coherence and annotation agreement metrics for enzyme families

Tese de doutoramento, Informática (Bioinformática), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015A range of methodologies is used to create sequence annotations, from manual curation by specialized curators to several automatic procedures. The multitude of existing annotation methods consequently generates an annotation heterogeneity in terms of coverage and specificity across the biological sequence space. When comparing groups of similar sequences (such as protein families) this heterogeneity can introduce issues regarding the interpretation of the actual functional similarity and the overall functional coherence. A direct path to mitigate these issues is the annotation extension within the protein families under analysis. This thesis postulates that the protein families can be used as knowledgebases for their own annotation extension with the assistance of a proper functional coherence analysis. Therefore, a modular framework for functional coherence analysis and annotation extension in protein families was proposed. The framework includes a proposed module for functional coherence analysis that relies on graph visualization, term enrichment and other statistics. In this work it was implemented and made available as a publicly accessible web application, GRYFUN which can be accessed at http://xldb.di.fc.ul.pt/gryfun/. In addition, four metrics were developed to assess distinct aspects of the coherence and completeness in protein families in conjunction with additional existing metrics. Therefore the use of the complete proposed framework by curators can be regarded as a semi-automatic approach to annotation able to assist with protein annotation extension.Diversas metodologias são usadas para criar anotações em sequências, desde a curação manual por curadores especializados até vários procedimentos automáticos. A multitude de métodos de anotação existentes consequentemente gera heterogeneidade nas anotações em termos de cobertura e especificidade em espaços de sequências biológicas. Ao comparar grupos de sequências semelhantes (tais como famílias proteícas) esta heterogeneidade pode introduzir dificuldades quanto à interpretação da semelhança e coerência funcional nesses grupos. Uma maneira de mitigar essas dificuldades é a extensão da anotação dentro das famílias proteícas em análise. Esta tese postula que famílias proteícas podem ser usadas como bases de conhecimento para a sua própria extensão de anotação através do uso de análises de coerência funcional apropriadas. Portanto, uma framework modular para a análise de coerência funcional e extensão de anotação em famílias proteícas foi proposta. A framework incluí um módulo proposto para a análise de coerência funcional baseado em visualização de grafos, enriquecimento de termos e outras estatísticas. Neste trabalho o módulo foi implementado e disponibilizado como uma aplicação web, GRYFUN que pode ser acedida em http://xldb.di.fc.ul.pt/gryfun/. Adicionalmente, quatro métricas foram desenvolvidas para aferir aspectos distinctos da coerência e completude de anotação em famílias proteícas em conjunção com métricas já existentes. Portanto, o uso da framework completa por curadores, como uma estratégia de anotação semi-automática, é capaz de potenciar a extensão de anotação.Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), SFRH/BD/48035/200

Orbital eccentricity: sound performance, using commercial and military satellites with real time tracking data

This music performance starts with an inquiring about the possibility to generate sound and music elements using commercial and military satellites, established in a process of acquirement and conversion of satellite movement data sonified in real time, merged to midi-data language. Used to control hardware and software musical instruments. It‘s importance, reflects on the autonomy of the satellites as objectual performers, actants that generate sonic content in an ecology of casual movements and programmed computational music rules. The routes and trajectories are mediated elements to think about composition in a performative dynamic environmental system, manipulated in real time by the performer in direct dialogue with the external technological body. The satellite as an actant suspended in the edge of the human perceptive border that articulate a direct relation with the planet Earth as a place with external telematic objects. It represents the human activity in the boundaries of the universe limits. This performance starts with the production of hardware and software that captures the movement of public and military satellites. In technical collaboration and partnership with Christopher Zlaket (1992) from the Arizona State University who specializes in interface design and David Stingley (1993) of MIT who specializes in computer science. The sonic qualities are dependent of improvisational approaches developed in real time, pointing to aesthetic elements about dynamics, granulation, noise, and drone. Pointing to post-digital and micro sound aesthetics traditions and proposing ruptures.We acknowledge the Foundation for Science and Technology in Portugal to support partially this work throughout the Research Centre for Arts and Communication (project UIDB/Multi/04019/2020) and ID+ Research Institute for Design, Media and Culture.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

As dinâmicas político-territoriais de uma comunidade periférica no sul da América Portuguesa : a ilha de Santa Catarina e seu continente, 1680-1750

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Filosofia e Ciências Humanas, Programa de Pós-Graduação em História, Florianópolis, 2013.Este trabalho tem como objetivo principal analisar o processo político da ocupação luso-brasileira do espaço da Ilha de Santa Catarina e do litoral próximo entre finais do século XVII e a primeira metade do XVIII. Nesse período este território ultramarino passou por inúmeras transformações que culminaram a criação da Vila do Desterro, no ano de 1726, e a instalação da capitania de Santa Catarina, em 1738. Para isso, procurou-se enfatizar aqui a trajetória social e política da elite local recém-constituída, que a partir dos seus postos de governança intermediava junto ao Estado luso o processo territorialização da fronteira sul da América portuguesa. Abstract : This work takes as its principal objective to analyze the political process of Portuguese-Brazilian occupation of the island of Santa Catarina and the nearby coat at the end of the 17th and beginning of the 18th century. During this time, this overseas Portuguese territory passed through many transformations, ending with the creation of the Vila de Desterro in 1726 and the installation of the Capitania of Santa Catarina in 1738. In order to achieve this analysis, the author emphasizes the social and political trajectory of the recently constituted local elite which, through positions of governance, worked with Lisbon to territorialize of the southern frontier of Portuguese America

Assessoria tecnológica em arquitetura e engenharia para habitação popular

O objetivo deste projeto é levar aos moradores de bairros populares de Foz do Iguaçu a assessoria tecnológica gratuita, visando a melhoria na qualidade de vida e no seu bem estar. Nos anos 2017 e 2018, o projeto tem estudado e difundido técnicas alternativas de construções de baixo impacto ambiental e com materiais de construção mais baratos em relação aos convencionais. As técnicas utilizadas foram taipa de pilão, em 2017, e taipa de mão, em 2018, técnicas que utilizam terra como principal componente de construção. Foram realizados testes do solo de Foz do Iguaçu procurando uma melhor combinação (traço) de materiais para ser utilizado em tais construções. O projeto teve como resultado alguns cursos para a comunidade acadêmica e local com o intuito de transmitir os conhecimentos adquiridos com os estudos de solo e com a realização das técnicas taipa de pilão e taipa de mão. O projeto visa também contribuir para estabelecer um contato permanente dos alunos com as demandas sociais fortalecendo o compromisso social das ações da universidade e a troca de conhecimentos com a sociedade por meio das atividades de extensão universitária

A indústria de vidro plano: conjuntura atual e perspectivas

Bibliografia: p. 288-290O vidro plano é um componente importante das cadeias de produção tanto da construção civil quanto da indústria automobilística e vem se destacando com a apresentação de diversas características e funcionalidades. A indústria de vidro plano é concentrada em nível mundial, situação também observada nacionalmente. Contudo, no Brasil, essa indústria tem passado por importantes transformações em sua estrutura, com a entrada de novos participantes. Esse movimento reflete o comportamento da demanda interna e de seus principais indutores de crescimento. Este artigo se propõe a apresentar a conjuntura atual desse mercado, em um ambiente de transformação e expansão, e apontar suas perspectivas, levando em conta a importância do desenvolvimento nacional dessa indústria tanto para as cadeias de produção das quais faz parte quanto para o equilíbrio da balança comercial

Uso de redes neuronais na análise de temperatura em peças de madeira

Mestrado em Engenharia CivilCom este trabalho pretende-se contribuir para o enriquecimento de estudos e ferramentas sobre a análise de temperatura em peças de madeira em situação de incêndio, mais concretamente a sua previsão pelo uso de Redes Neuronais Artificiais. Estas redes constituem uma poderosa ferramenta usada em muitas áreas de aplicação da engenharia civil para modelar propriedades e comportamento de materiais. É feita uma breve introdução, com apresentação do objeto, objetivo, motivação pessoal e âmbito do estudo desenvolvido. Seguidamente faz-se uma abordagem química, física e de comportamento ao fogo da madeira, onde são mencionadas as características e terminologias usadas ao longo do trabalho. Após realizar uma abordagem genérica sobre estrutura e modo de funcionamento de Redes Neuronais Artificiais, passa-se à descrição de todas as etapas realizadas no sentido de conseguir alcançar o objetivo final a que o trabalho se propõe. Desenvolveu-se um modelo de Redes Neuronais Artificiais para prever a temperatura na madeira sob carregamento de fogo. Para a construção do modelo, treino e teste, usaram-se resultados numéricos obtidos pelo método descrito no EC5, recorrendo-se para tal ao programa de códigos de elementos finitos SAFIR. Os dados introduzidos na rede foram organizados e divididos separadamente em 6 parâmetros de entrada no sentido de prever a temperatura como parâmetro de saída da rede. Os resultados obtidos mostraram que as Redes Neuronais Artificiais podem calcular adequadamente a temperatura da madeira em elementos sujeitos ao fogo.The aim of this work is to contribute to the enhancement of studies and tools about the temperature analysis on timber members in a fire situation, specifically on its prediction by the use of Artificial Neuronal Networks. These networks are a powerful tool used in a wide variety of civil engineering areas in order to modeling properties and material behavior. A brief introduction is made including the presentation of the object, the purpose, the personal motivation and the scope of the developed study. Then a chemical, physical and mechanical approach to the fire behavior of the timber is made, in which it is mentioned the characteristics and terminologies used during this work. After making a generic approach about the structure and operating mode of Artificial Neuronal Networks, the description of all steps taken towards achieving the ultimate objective of this work is performed. An Artificial Neuronal Networks model was developed in order to predict the timber temperature under fire loading. To build, train and test the network, numerical results obtained through the EC5 method were used, using to this end the finite element code SAFIR. The data introduced on the network were organized and split into 6 input parameters in order to predict the temperature as an output parameter of the network. The results showed that Artificial Neuronal Networks can accurately calculate the temperature of timber in elements subjected to the fire

Optimisation of biomass production and nutritional value of two marine diatoms (Bacillariophyceae), Skeletonema costatum and Chaetoceros calcitrans

S. costatum and C. calcitrans are two cosmopolitan high-value centric diatoms, with a rich nutritional profile. The following work optimised the culture medium of S. costatum and C. calcitrans cultures, respectively, in a stepwise process as follows: 2.4 mM and 1.2 mM of silicate, 4 mM of nitrate, 100 µM of phosphate, 20 and 80 µM iron, and 0.5 mL L−1 of micronutrients. The results that were obtained revealed an increase in biomass productivity with a 1.8- and 3.2-fold increase in biomass that was produced by S. costatum and C. calcitrans, respectively. The biochemical profile showed an increase in high-value PUFAs such as 2.6-fold and 2.3-fold increase in EPA for S. costatum and C. calcitrans, respectively, whilst a 2.6-fold increase in DHA was detected in S. costatum cultures. The present work provides the basic tools for the industrial cultivation of S. costatum and C. calcitrans with enhanced productivity as well as improved biomass quality, two factors which are highly relevant for a more effective application of these diatoms to aquaculture and nutraceutical production.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Relations between the post-digital and the industrial complex of capitalism: reformulations on technology as ideology and digital garbage in art

This essay presents a mapping of the historical concepts that contributed to the emergence of post-digital aesthetics and their connections to the concept of post-media in historical terms. It also analyzes the transition from techno-positivism to discourse of resistance against the effects of the capital technological industrial complex and how these advances in technology influence artistic discourses, practices and are the leverage of art and technology which is nothing more than a representation of the aesthetics of capital. Following art and capitalism as an ideology of innovation. Is proposed an unstinting theory about technology, geology, and the importance of these conditions to the post-digital aesthetics in terms of material disposable and conceptual articulation. Producing a reconfiguration of the post-digital conceptual approach as I propose beyond the dysfunctional aesthetics and connected with the concept of radical ecology centred in the usability of electronic garbage and technical obsolescent technologies in the arts.info:eu-repo/semantics/publishedVersio